FSOFT được tổ chức theo mô hình 5 lớp Công ty - Chi nhánh - Trung tâm – Phòng Sản xuất - Dự án theo nguyên tắc sau:

• Công ty là cơ quan cao nhất, điều hành chung. Chức danh điều hành cao nhất là Tổng Giám đốc.
• Chi nhánh là các Công ty con, thường có trụ sở riêng về địa lý. Chức danh: Giám đốc. 
• Trung tâm (Group): Các Trung tâm Kinh doanh. Chức danh: Giám đốc Trung tâm. 
• Phòng Sản xuất (Division): Các đơn vị trực tiếp sản xuất trong mỗi Trung tâm. Chức danh: Trường Phòng.
• Dự án: đơn vị sản xuất cơ bản. Chức danh: Giám đốc dự án, quản trị dự án. 

Đầu năm 2006, FSOFT có 10 Trung tâm sản xuất, 6 tại Hà nội, 3 tại Tp. Hồ Chí Minh và 1 tại Thành phố Đà Nẵng.

Tại Hà nội:

• G1: Thị trường Châu Âu (Anh Quốc), Châu Á Thái Bình Dương, Nhật Bản.
• G2: Thị trường Mỹ và Châu Á Thái Bình Dương
• G7: Thị trường Nhật (NTT-IT, IBM-Japan)
• G8: Thị trường Nhật (HitachiSoft)
• G13: Thị trường Nhật
• G21: Thị trường Nhật

Tại Tp. Đà Nẵng:

• G5: Thị trường Nhật, Mỹ và Pháp

Tại Tp. Hồ Chí Minh:

• G3: Thị trường Châu Á Thái Bình Dương và Nhật Bản
• G6: Thị trường Châu Á Thái Bình Dương
• G9: Thị trường Nhật Bản (Hitachi Joho, Sanyo, NRI)

Hỗ trợ cho các đơn vị sản xuất là các Ban Bảo đảm Kinh doanh (Business Assurance) bao gồm các chức năng sau: Phát triển kinh doanh, Tài chính kế toán, Nhân sự đào tạo, Hành chính, Chất lượng, Quy trình, Truyền thông Nhật bản, Mạng và Công nghệ.

Tính đến đầu năm 2006, FSOFT có hơn 1000 nhân viên, trong đó gần 800 người trực tiếp sản xuất, còn lại là đội ngũ quản lý và hỗ trợ. Cùng với việc mở rộng thị trường trong những năm tới, FSOFT đang đứng trước một thách thức to lớn là đạt được mức tăng trưởng nhân lực 100 % mỗi năm.

Để đáp ứng cho nhu cầu kinh doanh, FSOFT luôn cần nhân lực làm việc tại Hà nội, Tp. Hồ Chí Minh, Đà nẵng, Nhật bản và các nước khác.